Non capisco bene il tuo problema.
Per caricare un qualsiasi scenario, basta selezionarlo e lanciarlo.
Se lo hai salvato con CTRL+S, lo troverai nella cartella Quicksave del Launchpad di Orbiter (che corrisponde alla tua cartella ORBITER\Scenarios\Quicksave).
Naturalmente, quando avrai salvato molti scenari avrai bisogno di fare un po' di ordine.
Nella cartella ORBITER\Scenarios\ puoi creare tutte le sottocartelle che vuoi, e in queste cartelle ci sposterai i tuoi scenari salvati.
Ti consiglio anche di rinominarli, in base al punto di salvataggio.
Per esempio:
parto per la Luna e faccio un salvataggio appena arrivo in orbita di parcheggio, poi dopo aver fatto l'accensione di eiezione dall'orbita terrestre ne faccio un altro...magari ne faccio un altro subito prima e subito dopo la prima accensione MCC di correzione rotta...
Così posso ripartire da punti diversi e rifare la missione senza dover ripartire ogni volta da zero.
Ovviamente tutti questi salvataggi vanno/andrebbero rinominati (e magari messi insieme in una loro sottocartella) sennò dopo un po' non sai più a cosa si riferiscono...